Uma pesca, na realidade uma caça, pouco conhecida em Setúbal, é a das baleias. Tudo começou em 1924 quando a Companhia Portuguesa de Pesca de Cetáceos recebeu uma concessão do Governo, por seis anos, para estabelecer uma estação de tratamento de baleias em Tróia, na sua costa Norte, entre as ruínas romanas e o actual cais dos ferry-boats. A estação ficou pronta em Setembro de 1925 mas desde Março que já se pescava, ou melhor, se caçava, baleias ao largo da costa de Setúbal graças ao fretamento de um vapor norueguês, o Professor Gruvel.

Em 1924, já tinham sido capturadas 26 baleias, com comprimentos entre os 12 m e 18 metros. Cada baleia produzia cerca de 4.000 litros de óleo e, no ano de 1925, foram pescadas 160 baleias que produziram 662.700 litros de óleo tendo naquele ano a Companhia exportado, pelo porto de Setúbal, 632 toneladas de óleo. Eram caçados diversos tipos de cetáceos, essencialmente cachalotes e baleias azuis.

Em 1925 já havia três navios na pesca, o Fogo, Musculus e o Sybaldi, todos construídos na Noruega, com uma tonelagem entre as 150 e as 200 toneladas, e o pessoal arpoador era norueguês e o restante português. Com um investimento inicial de 7.000 contos, logo no ano da instalação a Sociedade teve 5.000 contos de receita e, no ano seguinte, foram caçadas 248 baleias que originaram a exportação de 920 toneladas de óleo. As baleias forneciam a carne, semelhante à carne de vaca no sabor e muito óleo, usado na saboaria, nas margarinas e também como óleo de iluminação pública e nas habitações, até à utilização do petróleo. Os ossos serviam para o fabrico de pentes, botões, cabos e outros utensílios domésticos e os resíduos, depois de tratados, eram utilizados como adubos e pasta para engordar gado. A baleia era uma autêntico “porco-do-mar” pois tudo era aproveitável.

A estação na Tróia tinha rampas para carregamentos das baleias assim como autoclaves alimentados por caldeiras a vapor, para tratarem a carne e a gordura para o aproveitamento dos óleos. Também tinha uma serra para serrar os gigantescos ossos, um gerador eléctrico privativo e permitia tratar até seis baleias por dia.

A pesca era realizada da seguinte forma. O navio partia de madrugada, de Setúbal, e afastava-se entre 15 a 70 milhas da costa. O vigia, no alto do mastro do navio, descobria ao longe as baleias, dava o alarme e logo o navio se deslocava, a toda a velocidade, para perto dos animais. A cerca de 40 m a 50 m, o arpoador disparava um canhão — colocado na proa do navio — que tinha um arpão, com o peso de 90 kg, com uma granada de pólvora na ponta. Ao entrar no corpo da baleia a granada explodia provocando a sua morte e o arpão, que estava ligado ao navio através de um cabo, impedia a fuga da baleia, no caso de esta ficar apenas ferida com o tiro inicial. Após a morte, a baleia era acorrentada ao costado do navio (operação popularmente designada de braço-dado) e com uma agulha injectava-se ar comprimido no corpo para impedir o seu afundamento até chegar à estação de tratamento. Não se caçava a mais de 70 milhas — a viagem de regresso demorava cerca de 11 horas — porque correr-se-ia o risco de a baleia chegar à fábrica em más condições, inclusive porque a caça era nos meses mais quentes.

Em Setembro de 1927 o ministro da Marinha, comandante Jaime Afreixo, visitou as instalações quando estava a ser tratada uma baleia com 18 m de comprimento e 40 toneladas de peso. Depois houve um almoço no palácio Sotto Mayor, na Caldeira da Tróia, e os discursos habituais. No ano seguinte a empresa, alegando que os impostos oneravam muito as exportações, encerrou as suas instalações na Tróia. Em Maio de 1929, foi publicado um despacho no Diário do Governo (D.G.) a determinar a caducidade da concessão dada à Companhia pois “há mais de um ano que não exerce a sua exploração.”