Curiosamente nos últimos anos de vida virou-se para a agricultura, tendo adquirido no Algarve vastas propriedades, situadas no Areal Gordo e Pereiro, as courelas das Caliças, as fazendas de Marachique e das Areias, do Vau da Rocha (em Portimão), Atalaia e Benefícios, assim como a famosa Quinta do Alto, onde construíra a sua residência. Mas também adquiriu as conhecidas Hortas de Olhão e dos Fumeiros, a quinta do Bom João e a vastíssima fazenda do Montenegro, sem esquecer ainda as valiosas e extensas propriedades dos salgados e reguengos de Portimão, em Boina e Arge, tendo por fim adquirido o antigo Morgado de Quarteira, que mais tarde o banqueiro Cupertino de Miranda compraria aos seus herdeiros para aí fundar o resort turístico hoje conhecido como Vilamoura.

Nessas propriedades desenvolveu culturas novas e empregou modernas máquinas, adubos e desinfestantes até aí desconhecidos na região. Algumas dessas máquinas existiam ainda há poucos anos nas arrecadações agrícolas da sua apalaçada residência, hoje transformada, ou adaptada às suas funções educativas, sob a designação de Colégio de Santo António do Alto.

A ele se deve a introdução no Algarve das culturas intensivas do pimenteiro e do marmeleiro, cujas produções aproveitou para criar as primeiras agro-indústrias no género, além de ter também experimentado a exportação em lata da pasta de pimento e do doce de marmelo.

Também investiu na pesca do bacalhau, enviando vários navios da sua frota pesqueira do Algarve para os bancos na Terra Nova de onde voltavam carregados de peixe que era depois aqui submetido à secagem, embalagem e exportação para os mercados consumidores em todo o mundo. Embora o Algarve tivesse condições muito propícias à indústria da secagem do bacalhau, o certo é que depois da experiência da Casa Fialho praticamente não houve quem prosseguisse no aproveitamento desse sector.

Face aos seus negócios e aos avultados meios de fortuna, Júdice Fialho passava largas temporadas no estrangeiro usufruindo da avançada cultura dos países do centro europeu, adquirindo conhecimentos nos mais diversos meios, quer científicos quer artísticos. A sua educação e esmerado bom gosto, levou-o a colecionar imensas obras de arte, principalmente quadros, tapeçarias, esculturas e porcelanas, com as quais decorou e enriqueceu o seu palácio de Faro.

Uma das suas características mais cativantes era a forma como tratava os seus colaboradores, desde o engenheiro até ao mais humilde trabalhador rural, que a todos conhecia pelo primeiro nome. A nenhum, sobretudo aos mais humildes, permitia que faltasse o sustento, diligenciando sempre trabalho para os ativos e apoio financeiro para os velhos e doentes. Impõe-se também salientar que as fábricas conserveiras da empresa Júdice Fialho foram as primeiras no país a possuírem creches para os filhos das operárias e salas de aleitamento para que as mães pudessem cuidar dos seus bebés durante as horas de trabalho. Também lhes eram prestados serviços médicos e apoio farmacêutico, além de ensinamentos de puerícia e aconselhamento no planeamento familiar.

Em 17 de Abril de 1916, a Câmara Municipal de Portimão prestou-lhe uma homenagem pública, descerrando o seu retrato no salão nobre daquela edilidade, como prova de gratidão pelo desenvolvimento económico prestado à sua terra-natal.

Dois dias antes de falecer foi submetido a uma intervenção cirúrgica que correu satisfatoriamente, sucumbindo no pós-operatório por causa de um ataque  cardíaco.